Paardenfossielen worden in ons land veelvuldig opgevist en opgebaggerd. Zo analyseerden Ligtermoet en Drees (1986) maar liefst 137 middenvoetsbeenderen, merendeels uit de collecties van Naturalis. Tel daarbij op het materiaal dat sindsdien gevonden is en alle paardenfossielen in amateurcollecties, en het is duidelijk dat het een zeer algemene soort is. Tegelijkertijd is het echter een van de meest problematische soorten vanwege de complexe taxonomie van de Pleistocene paarden en ezels.
Uit opgravingen zijn relatief weinig resten van paarden bekend. In de kleigroeven van Neede is een metatarsus gevonden, die door Van Kolfschoten (1990a) als Equus sp. werd geclassificeerd en hier al vermeld werd onder Equus hemionus. Uit de verschillende groeven bij Rhenen is meer materiaal bekend, waarbij al direct duidelijk werd dat er twee soorten aanwezig waren. Aanvankelijk werden die als Equus spec. a en spec. b geclassificeerd (Van Kolfschoten, 1981), maar later werd duidelijk dat de kleinere soort E. hydruntinus was (Van Kolfschoten, 1990a; Smit, 1996). Het grotere paard is niet verder tot soort gedetermineerd. Ook de paarden van de Belvédère groeve werden als Equus sp. geclassificeerd (Van Kolfschoten, 1985, 1990a). In de Saalienfauna Maastricht- Belvédère 2 zijn drie snijtanden en twee premolaren gevonden. Volgens Van Kolfschoten (1990a) valt de p4 op, doordat caballoide en stenonide in de kies verenigd zijn. Uit Maastricht-Belvédère 5, een Weichselien fauna, zijn heel meer resten bekend. Eerdere vondsten van paardenfossielen in de Caberg (Cremers, 1925; Rutten, 1909; Schreuder, 1943b) zouden uit hetzelfde niveau stammen als deze fauna.
Een van de problemen bij de vondsten uit de verschillende zuigputten is dat het paard een fauna-element is dat we zowel in het Pleistoceen als in het Holoceen kunnen aantreffen. En gezien het grote belang van het paard voor met name de agrarische sector door de eeuwen heen, is te verwachten dat veel van het materiaal sub-recent is. We zijn dan aangewezen op de fossilisatiegraad om te weten of een fossiel al dan niet uit het Pleistoceen afkomstig is (Ligtermoet, 1985). Willemsen (1988a) geeft aan dat de meeste paardenfossielen uit de zuiggaten rond Arnhem dezelfde fossilisatiegraad hebben als typische Holocene elementen als geiten, schapen, honden en menselijke resten. Er worden echter ook zwaarder gefossiliseerde paardenbotten gevonden. Zo zou er in Westervoort een complete schedel met onderkaak van een Weichselien paard zijn opgebaggerd. Het paard wordt ook door Meijer (2001) opgevoerd voor de zuigput bij Holt & Haar, een van de weinige zandwinningen waarin uitsluitend Pleistocene fossielen worden gevonden. In die fauna is het paard met meer dan vijftig fossielen goed vertegenwoordigd. Dat het paard inderdaad een belangrijk fauna-element was tijdens de laatste ijstijd, blijkt ook uit de vele vondsten van dit dier die zijn opgevist in de omgeving van de Bruine Bank. Uiteraard ontbreekt het paard ook niet in de fauna's van de Maasvlakte. Van Kolfschoten en Vervoort-Kerkhoff voeren Equus sp. op voor alle drie de Maasvlaktefauna's.
Door de menging van Holocene en Pleistocene fossielen lijkt er een enorme variatie in grootte en vorm te zijn. De analyse van Ligtermoet en Drees (1986) geeft voor de middenvoetsbeenderen van de Noordzee een vrij eenduidig beeld. De meeste vondsten vallen in een cluster samen. Twee slankere middenvoetsbeenderen behoren toe aan E. hydruntinus, terwijl een opvallend kort exemplaar waarschijnlijk een derde soort vertegenwoordigt. Dit beeld gaat echter verloren als ook de Holocene vondsten in het scatterdiagram worden bekeken. Deze tonen een veel grotere variatie, mogelijk als gevolg van domesticatie. Zoals Ligtermoet (1985) opmerkte, zijn er in het Holocene materiaal van de zuigput Heerewaarden zelfs zeven middenhandsbeenderen die uitsluitend op maten vergelijkbaar zijn met de metatarsalia van E. hydruntinus. Het is echter, gezien hun ouderdom, zeer onwaarschijnlijk dat het hier daadwerkelijk om fossielen van de Europese ezel zou gaan.
De taxonomie van paarden is behoorlijk ingewikkeld. Van Kolfschoten (1981, 1985, 1990a) gebruikt dan ook voor zijn determinaties steevast Equus sp. Dit is wetenschappelijk gezien een juiste keuze, zeker als men een keus probeert te maken uit de vele (onder-)soorten die voor paarden gedefinieerd zijn. Het heeft echter als nadeel dat men geen onderscheid kan maken tussen de grote soort, die vertegenwoordigd wordt door de bulk van het materiaal en kleinere fossielen zoals de enigmatische metatarsale van de Noordzee die wordt afgebeeld door Ligtermoet en Drees (1986). Wij kiezen daarvoor voor een pragmatische benadering, waarbij we de grote fossielen onderbrengen in het recente paard, Equus caballus.
Ann Forstén, een paleontologe die veel gepubliceerd heeft over fossiele paarden, conludeerde na haar bewerking van de paarden van de Franse vindplaats Achenheim (Forstén, 1996: 175) "Ik geef geen namen aan de paarden van Achenheim. Er heerst geen overeenstemming over het aantal soorten paard in het Midden en Laat Pleistoceen en het geven van namen is doorgaans een subjectief gebeuren. Deze subjectiviteit is het gevolg van voortdurende veranderingen in de lichaamsgrootte van deze paarden, bij een morfologische uniformiteit." Dit citaat geeft goed aan hoe ingewikkeld de taxonomie van de Pleistocene paarden is. In zijn bespreking van de caballoide paarden van Eurazië noemt Kahlke (1994) maar liefst 19 verschillende soorten en ondersoorten.
In al die taxonomische verwarring zijn wel een aantal trends te bespeuren. In de eerste plaats is het duidelijk dat de caballoide paarden relatieve laatkomers zijn in Eurazië. Als oudste vorm geldt de Vroeg Pleistocene Amerikaanse Equus scotti, waarvan onder andere meerdere skeltten gevonden zijn in Rock Creek (Texas). Pas aan het begin van het Midden Pleistoceen zien we de eerste caballoide paarden in Europa in Mosbach (Duitsland) en vergelijkbare vindplaatsen. Deze eerste vormen, die als Equus mosbachensis of E. caballus mosbachensis geclassificeerd worden, vallen op door hun grootte. In de loop van het Midden en Laat Pleistoceen zien we alsmaar kleinere vormen. In hoeverre we hier te maken hebben met afzonderlijke soorten is zeer de vraag. De grote genetisch variatie van paarden wordt duidelijk aan de tientallen rassen die door de mens geteeld zijn. Het kleinst bekende paardje, een Falabella minipony, weegt met 14 kilo slechts een duizendste van het zwaarste paard, een Belgisch trekpaard. Dergelijke uitersten komen in de natuur uiteraard niet voor. Het is echter duidelijk dat er binnen de soort Equus caballus de nodige genetische flexibiliteit is. Voor een soort die zowel tijdens ijstijden als interglacialen kan voorkomen, en wiens areaal ooit uitstrekte over het hele Noordelijk Halfrond, is te verwachten dat aanpassingen aan de lokale omstandigheden leiden tot verschillende morfotypen.
Dat niet alleen de taxonomie van de fossiele paarden ingewikkeld is, blijkt wel uit de classificatie van het Prezwalskipaard en de tarpan. Door sommige biologen worden deze gezien als een aparte soorten, terwijl anderen hen onderbrengen als een ondersoort van Equus caballus. In ieder geval geven deze paarden een goed beeld van de natuurlijke habitat. Prezwalksi paarden leven nu nog in Mongolië, maar areaal omvatte ook de steppen van Kazachstan, en waarschijnlijk delen van Siberië. Door jacht zijn ze echter aan het eind van de 19de eeuw sterk in aantal achteruitgegaan. De steppen van de Oekraïne en zuid Rusland waren het leefgebied van de tarpan, een wild paardenras dat aan het eind van de 19de eeuw uitstierf. Over het algemeen wordt aangenomen dat dit ras een belangrijke rol speelde in de domesticatie van het paard. Begraven Scythische strijdwagens laten zien dat zo'n 2000 voor Christus deze domesticatie al een feit was. Schattingen voor de eerste domesticatie gaan terug tot 4500 voor Christus (Nowak, 1991).