Terwijl de andere twee groepen ‘dikhuiden', de olifanten en neushoorns, gedurende het hele Pleistoceen in ons land aanwezig waren, vinden we de nijlpaarden hier slechts uit twee perioden. Vondsten uit het Laat Pleistoceen worden over het algemeen geplaatst in Hippopotamus incognitus en rond de overgang van Vroeg naar Midden Pleistoceen leefden hier een grote vorm, die wordt aangeduid met H. antiquus. Het in tijd gescheiden voorkomen van een groot en een klein nijlpaard maakt het aantrekkelijk om ze als aparte soorten te onderscheiden. Meer en meer worden deze echter hooguit als ondersoorten gezien van de recente H. amphibius. Aangezien ook andere soorten in de loop van het Pleistoceen kleiner worden (o.a. de grottenleeuw), lijkt dit een logische keuze.
De Vroeg en Midden Pleistocene vondsten van nijlpaarden komen allemaal uit de Noordzee, hetzij als bijvangst van vissers, hetzij als opgespoten materiaal. Zo meldden Van Kolfschoten en Vervoort-Kerkhoff (1985) een bovenkaakshoektand en het voorste gedeelte van een M3 van de Maasvlakte. Deze worden geplaatst in de Maasvlaktefauna I (Van Kolfschoten & Vervoort-Kerkhoff, 1999). Mol (1994) meldde nog meer materiaal van de Maasvlakte, uit de collectie Van der Weg. Voor hem stond echter niet vast, dat deze resten van het Vroeg tot Midden Pleistocene nijlpaard afkomstig zouden zijn. Noordzeelocaties als Het Gat (Post et al., 2001) en het Deep Water Channel (Mol, 1993a, 1994) hebben een Vroeg/Midden Pleistocene fauna opgeleverd die vergelijkbaar is met de Maasvlakte fauna I. Ook in deze fauna is het nijlpaard vertegenwoordigd. De opgeviste vondsten bestaan onder andere uit een distaal uiteinde van een humerus, een proximaal uiteinde van een femur en een kies.
Ook van het Laat Pleistocene nijlpaard zijn niet veel fossielen gevonden. Bij de aanleg van het recreatiegebied 'De Rhederlaag' in uiterwaarden van de IJssel tussen Arnhem en Doesburg, werden een middenhandsbeen en middenvoetsbeen opgebaggerd (collectie Mol, nr 1394 en nr 1848; Mol, 1993a). Ook uit de zuigput 'de Haerst' bij Zwolle zijn Laat Pleistocene resten van het nijlpaard gevonden (van Kolfschoten & Vervoort-Kerkhoff, 1985; Terpstra, 1996; Van Uum, 2003). Hier wordt de soort vertegenwoordigd door een viertal kiezen. Bosscha Erdbrink (1996) beschreef een achterste gedeelte van een schedel uit de Rijn bij Loowaard nabij Arnhem. Het voorkomen van Laat Pleistocene nijlpaardfossielen in het oosten van ons land is geen toeval. Plaatselijk komen ze langs de IJssel Eemien-afzettingen voor op een geringe diepte, zodat ze in zuigputten aangesneden kunnen worden. Maar ook uit de monding van de Westerschelde bij Breskens is een schedelfragment opgevist (van Kolfschoten & Vervoort-Kerkhoff, 1985; Mol, 1994). Mol (1994) suggereerde dat -althans sommige- van de nijlpaardresten van de Maasvlakte mogelijk uit het laatste interstadiaal afkomstig zijn. Op het eerste gezicht lijkt dat onwaarschijnlijk, aangezien tijdens het Eemien het gebied rond Rotterdam onder water zou hebben gelegen. Maar Mol wees erop dat er ook resten van bosolifanten op de Maasvlakte gevonden zijn, een soort die ook gezien wordt als kenmerkend voor met name het Eemien. Hooijdonk en Schouten (2013) melden een kies van het Laat Pleistocene nijlpaard, door de tweede auteur gevonden op het strand van de Tweede Maasvlakte.
Omdat nijlpaarden tegenwoordig alleen nog voor in Afrika voorkomen, zou je kunnen denken dat dit warmteminnende dieren zijn. Faure (1985) toonde echter aan dat nijlpaarden niet altijd gebruikt kunnen worden als indicator voor een warm of subtropisch klimaat. Wel geven de nijlpaarden aan dat we te maken hebben met een overwegend vochtig klimaat.
De Vroeg Pleistocene nijlpaarden, die meestal met H. antiquus, maar soms ook met H. major worden aangeduid, waren iets groter dan de recente dieren. Vroeg Pleistocene nijlpaarden zijn al zeer lang bekend uit de vallei van de Arno in Toscane (Italië). De paleontologische musea van Florence en Montevarch hebben omvangrijke verzamelingen van dit dier. Zo staat er een bijna compleet skelet opgesteld van het fossiele nijlpaard in het museum van Florence. De belangrijkste vindplaats van Hippopotamus antiquus is echter Untermassfeld (Duitsland; Kahlke, 1987; Kierdorf & Kahlke, 2004). De fossiele zoogdierresten werden gevonden in fluviatiele afzettingen en zouden tijdens een grote overstroming bij elkaar gespoeld zijn. De fossielen zijn prachtig bewaard gebleven en uitstekend geconserveerd. Onder de 12.000 botten die hier zijn opgegraven, bevinden zich resten van ten minste twintig nijlpaarden. (Kierdorf & Kahlke, 2004). Opvallend is daarbij het grote aantal botten dat is aangetast. Ze vertonen met name aandoeningen als het gevolg van overbelasting, iets wat bij nijlpaarden met name voorkomt als ze lange tijd buiten het water verblijven. Dit zou een aanwijzing kunnen zijn voor een lange perioden van droogte in de omgeving van Untermaßfeld.
Uit het Laat Pleistoceen is het nijlpaard vooral bekend uit Engeland en Wales. Daar zijn bijna honderd vindplaatsen waar resten van deze dieren gevonden kunnen worden (Stuart, 1982, 1988). Fossielen zijn zelfs gevonden bij de aanleg van een bankgebouw op Trafalgar Square in het hartje van Londen ligt (Sutcliffe, 1985). Nijlpaarden kwamen massaal voor in het stroomgebied van de rivier de Cam bij Barrington. In zand- en grindgroeven werden hier aan het begin van deze eeuw, toen er nog met de schop gegraven werd, zeer veel resten verzameld van een interglaciale zoogdierfauna. De fossiele beenderen uit het Eemien vonden hoofdzakelijk hun weg naar het Sedgewick Museum of Geology in Cambridge. Ze werden in een fraaie monografie beschreven door Reynolds (1922). In het museum staat een samengesteld skelet van het nijlpaard opgesteld. Faure (1984) definieerde H. incognitus aan de hand van het materiaal van Barrington. Volgens Petronio (1995) kunnen de kenmerken van het holotype van H. incognitus echter ook in H. amphibius gevonden worden. Daarmee is het dus geen goede soort.
Langs de Rijn, tussen de Duitse steden Ludwigshafen en Mainz, treffen we een groot aantal zand- en grindzuigerijen aan. Naast fossiele zoogdieren aangetroffen uit het Weichselien worden hier ook fauna-elementen gevonden uit het laatste interglaciaal, zoals damhert, ree, waterbuffel, wild zwijn en bosolifant. Het nijlpaard is ook een typisch element uit deze fauna. Van deze dieren zijn in dit deel van de Boven-Rijn vooral de typische gebitselementen gevonden.
Mazza (1991) beschreef een nieuwe nijlpaardsoort, Hippopotamus tiberinus, gebaseerd op skeletresten die gevonden zijn in de delta van de Tiber (Italië). H. tiberinus kwam vanaf het late Vroeg tot het Laat Pleistoceen voor en zou afstammen van H. antiquus en is iets kleiner dan deze soort. Volgens Mazza kwam zijn soort ook voor in het gebied van de Boven-Rijn in Duitsland. Petronio (1995) meende Hippopotamus tiberinus geen geldige soort is, maar meer een afgeleide van H. antiquus. De beschrijving van een derde, intermediaire soort tussen ‘H. antiquus' en ‘H. incognitus' kan gezien worden als een aanwijzing dat we hier te maken hebben met slechts een soort, die een aantal evolutionaire veranderingen doormaakt. Vandaar dat we hier alle fossiele nijlpaarden uit Europa onder de recente H. amphibius plaatsen.